医院感染管理科既是职能部门又是业务科室，其工作职能主要有三个方面，即管理职能、行政职能和服务职能。 

管理职能：

1.贯彻国家及上级部门的法律、法规和规范、标准及指南等，负责督促、检查执行情况并催办落实。

2.掌握医院感染动态，协助医院感染管理委员会制订医院感染预防控制措施。

3.协调需要多部门共同实施的综合性工作，不断提高执行力和管理水平。 

行政职能：

1.根据感染管理委员会的决议，组织拟定医院感染管理规章制度，起草工作计划、总结等。发布有关规范、通知等。

2.组织安排医院感染管理委员会、院感监控员会议及其他专项会议。根据会议精神将决定内容传达到相关部门，并检查决定的贯彻执行情况。

3.定期与不定期对有关预防和控制医院感染管理规章制度的落实情况进行检查和指导。

4.负责医院感染管理日常事务，完成医院感染管理委员会和上级交办的其他工作。

服务职能：

1.对医院感染及其相关危险因素进行监测、分析和反馈，针对问题提出控制措施并指导、实施。

2.对医院感染病例进行调查、统计分析，并向医院感染管理委员会报告。

3.对医院的清洁、消毒灭菌与隔离、无菌操作技术、医疗废物管理等工作提供指导。

4.对传染病的医院感染控制工作提供指导。

5.对医务人员有关预防医院感染的职业卫生安全防护工作提供指导。

6. 对医院感染暴发事件进行报告和调查分析，提出控制措施并协调、组织有关部门进行处理。

7.对医务人员进行预防和控制医院感染的培训。

8.参与抗菌药物临床应用的管理工作。

9.对消毒药械和一次性使用医疗器械器具的相关证明进行审核。

10.组织开展医院感染预防与控制方面的科研工作。

11.负责医院感染预防和控制管理项目的总体监控。